最近、サーチフォームのボタンが消えてヘッダーにボタンだけ現れたり、モバイル用のメニューが動かなかったりしました。サーチフォームに関しては、テーマからsearchform.phpを削除してもボタンが変なところに現れて消えません。
AMPプラグインが悪さをしていた
結論から言うと、AMPプラグインのせいでした。といってもAMPプラグインが悪いんじゃなくて、AMPプラグインのモード設定が悪かっただけです。モードには標準、トランジショナル、リーダーという３つがあります。
前にモードを標準に変えたのを忘れていました。標準モードはAMPページを作らずに通常のページをAMP用にしてしまうようです（表現は不正確だと思う）。私のサイトは完全にAMP対応していないのに標準にしたもんだから不都合が出たんだと思います。モードをリーダーかトランジショナルに戻すとちゃんと動きました。